# GTACGGCTATTATCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGTA
#            *
# GTACGGCTATTGTCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGTA
contig1 11 snv 2

# GTACGGCTATTATCTGAGCTC-----AAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGTA
# GTACGGCTATTATCTGAGCTCTTTTTAAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGTA
contig1 21 ins TTTTT

# GTACGGCTATTATCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGC|CACT|GGTA
#                                           X
# GTACGGCTATTATCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGC|TCAC|GGTA
contig1 40 inv 4

# GTACGGCTATTATCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGTA
#                                               *
# GTACGGCTATTATCTGAGCTCAAGACTAATACGCGCTGGCCACTGGAA
contig1 46 snv 1

# AGTAGCGTCTAGTTCTCCCCCATCGAGTATTGTGGCATAAGCGGAACA
# AGT--------------------CGAGTATTGTGGCATAAGCGGAACA
contig3 3 del 20
