.gitignore
LICENSE
README.md
setup.py
stuff.todo
BubbleGun/Bubble.py
BubbleGun/BubbleChain.py
BubbleGun/Graph.py
BubbleGun/Node.py
BubbleGun/__init__.py
BubbleGun/__version__.py
BubbleGun/bfs.py
BubbleGun/bubbles_fasta.py
BubbleGun/compact_graph.py
BubbleGun/connect_bubbles.py
BubbleGun/connected_components.py
BubbleGun/fasta_chains.py
BubbleGun/find_bubbles.py
BubbleGun/find_parents.py
BubbleGun/functions.py
BubbleGun/graph_io.py
BubbleGun/json_out.py
BubbleGun/main.py
BubbleGun/output_certain_chains.py
BubbleGun/path_extractor.py
BubbleGun.egg-info/PKG-INFO
BubbleGun.egg-info/SOURCES.txt
BubbleGun.egg-info/dependency_links.txt
BubbleGun.egg-info/entry_points.txt
BubbleGun.egg-info/top_level.txt
BubbleGun/archiv/compact_graph.py
BubbleGun/archiv/digest_gam.py
BubbleGun/archiv/find_child_chains.py
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use_cases/README.md
use_cases/m_xanthus_10_assemblies.unitigs.gfa.gz
use_cases/minigraph_m_xanthus_10_assemblies_pangenome.gfa.gz