LICENSE.txt
MANIFEST.in
README.rst
setup.py
klab/MultiWorker.py
klab/Reporter.py
klab/RosettaProtocols.py
klab/__init__.py
klab/box_backup.py
klab/chainsequence.py
klab/colortext.py
klab/constants.py
klab/docopt.py
klab/git.py
klab/klfilesystem.py
klab/latex.py
klab/mainpagehtml.py
klab/process.py
klab/process3.py
klab/retrospect.py
klab/scoretype.py
klab/scripting.py
klab/view_commit_log.py
klab.egg-info/PKG-INFO
klab.egg-info/SOURCES.txt
klab.egg-info/dependency_links.txt
klab.egg-info/entry_points.txt
klab.egg-info/top_level.txt
klab/benchmarking/__init__.py
klab/benchmarking/analysis/__init__.py
klab/benchmarking/analysis/ddg_binding_affinity_analysis.py
klab/benchmarking/analysis/ddg_monomeric_stability_analysis.py
klab/benchmarking/analysis/plot.py
klab/benchmarking/analysis/ssm.py
klab/biblio/__init__.py
klab/biblio/doi.py
klab/biblio/publication.py
klab/biblio/pubmed.py
klab/biblio/ris.py
klab/biblio/test.py
klab/bio/__init__.py
klab/bio/alignment.py
klab/bio/basics.py
klab/bio/blast.py
klab/bio/bonsai.py
klab/bio/cache.py
klab/bio/clustalo.py
klab/bio/complexes.py
klab/bio/dssp.py
klab/bio/fasta.py
klab/bio/kabsch.py
klab/bio/ligand.py
klab/bio/openbabel_util.py
klab/bio/pdb.py
klab/bio/pdb_util.py
klab/bio/pdbechem.py
klab/bio/pdbml.py
klab/bio/pdbtm.py
klab/bio/pfam.py
klab/bio/protein_sequence.py
klab/bio/rcsb.py
klab/bio/relatrix.py
klab/bio/renumber_pdb.py
klab/bio/scop.py
klab/bio/sifts.py
klab/bio/smallmolecule.py
klab/bio/spackle.py
klab/bio/subs_matrix.py
klab/bio/test.py
klab/bio/uniprot.py
klab/bio/uniprot_patches.py
klab/bio/units.py
klab/bio/xml_pdb_util.py
klab/bio/fragments/__init__.py
klab/bio/fragments/generate_fragments.py
klab/bio/fragments/make_fragments_QB3_cluster.pl
klab/bio/fragments/post_processing.py
klab/bio/fragments/utils.py
klab/bio/fragments/hpc/ClusterTask.py
klab/bio/fragments/hpc/SGE.py
klab/bio/fragments/hpc/__init__.py
klab/bio/pymolmod/__init__.py
klab/bio/pymolmod/colors.py
klab/bio/pymolmod/loop_removal.py
klab/bio/pymolmod/multi_structure_builder.py
klab/bio/pymolmod/psebuilder.py
klab/bio/pymolmod/scaffold_model_design.py
klab/bio/pymolmod/scaffold_model_ligand.py
klab/bio/pymolmod/single_structure.py
klab/cloning/__init__.py
klab/cloning/cloning.py
klab/cloning/dna.py
klab/cloning/gen9.py
klab/cloning/protein_to_dna.py
klab/cluster/__init__.py
klab/cluster/cluster_interface.py
klab/cluster/find_owned_files.py
klab/cluster/info.py
klab/cluster/python_script_template.py
klab/cluster/resubmit_eqw_jobs.py
klab/cluster/run_mix.py
klab/cluster/sge_interface.py
klab/cluster/simple_qtop.py
klab/cluster_template/__init__.py
klab/cluster_template/cluster_template.py
klab/cluster_template/parse_runtimes.py
klab/cluster_template/parse_settings.py
klab/cluster_template/template-2.py
klab/cluster_template/write_run_file.py
klab/comms/__init__.py
klab/comms/ftp.py
klab/comms/http.py
klab/comms/mail.py
klab/db/__init__.py
klab/db/mysql.py
klab/db/schema.py
klab/db/sqlalchemy_interface.py
klab/debug/__init__.py
klab/debug/profile.py
klab/debug/utils.py
klab/deprecated/__init__.py
klab/deprecated/rosettadb.py
klab/deprecated/rosettahelper.py
klab/doc/__init__.py
klab/doc/pandoc.py
klab/fcm/__init__.py
klab/fcm/fcm.py
klab/fs/__init__.py
klab/fs/fsio.py
klab/fs/io.py
klab/fs/sevenzip_util.py
klab/fs/stats.py
klab/fs/zip_util.py
klab/fs/zipfile_util.py
klab/general/__init__.py
klab/general/date_ext.py
klab/general/structures.py
klab/general/strutil.py
klab/gfx/__init__.py
klab/gfx/color_definitions.py
klab/gfx/colors.py
klab/gfx/tango.py
klab/google/__init__.py
klab/google/gauth.py
klab/google/gcalendar.py
klab/hash/CRC64.py
klab/hash/__init__.py
klab/hash/md5.py
klab/latex/__init__.py
klab/latex/latex_report.py
klab/latex/util.py
klab/loggers/__init__.py
klab/loggers/simple.py
klab/opsys/__init__.py
klab/opsys/info.py
klab/parsers/__init__.py
klab/parsers/xml.py
klab/plot/__init__.py
klab/plot/general_matplotlib.py
klab/plot/rtools.py
klab/plot/graphs/__init__.py
klab/plot/graphs/correctness_abacus_plot.py
klab/plot/graphs/error_by_error_scatterplot.py
klab/plot/graphs/multicategory_scatterplot.py
klab/pymath/__init__.py
klab/pymath/discrete.py
klab/pymath/stats.py
klab/pymath/cartesian/__init__.py
klab/pymath/cartesian/rmsd.py
klab/pymath/cartesian/spatialhash.py
klab/rmsd/RMSDWrapper.py
klab/rmsd/__init__.py
klab/rosetta/__init__.py
klab/rosetta/input_files.py
klab/rosetta/input_files_test.py
klab/rosetta/map_pdb_residues.py
klab/stats/__init__.py
klab/stats/counters.py
klab/stats/dataframe.py
klab/stats/misc.py
klab/tui/__init__.py
klab/tui/utils.py
klab/unmerged/__init__.py
klab/unmerged/rpache/PDB_files.py
klab/unmerged/rpache/__init__.py
klab/unmerged/rpache/functions_lib.py