Metadata-Version: 2.3
Name: cellnexuspy
Version: 0.6.0
Summary: Provides access to a copy of the Human Cell Atlas, but with harmonised metdata. This allows for uniform querying across numerous datasets within the Atlas using common fields such as cell type, tissue type, and patient ethnicity. Usage involves first querying the metadata table for cells of interest, and then downloading the corresponding cells into a anndata object.
License: Modified MIT
Author: Stefano Mangiola
Author-email: stefano.mangiola@adelaide.edu.au
Maintainer: Juan Henao
Maintainer-email: juanhenao.sanchez@gmail.com
Requires-Python: >=3.10
Classifier: License :: Other/Proprietary License
Classifier: Programming Language :: Python :: 3
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.12
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.13
Requires-Dist: anndata (>=0.11.4,<0.12.0)
Requires-Dist: appdirs (>=1.4.4,<2.0.0)
Requires-Dist: cellxgene-census (>=1.18.0,<2.0.0)
Requires-Dist: duckdb (>=1.2.2,<2.0.0)
Requires-Dist: nbconvert (>=7.12.0,<8.0.0)
Requires-Dist: notebook (>=6.5.6,<8.0.0)
Requires-Dist: numpy (>=1.24)
Requires-Dist: pandas (>=2.2.3,<3.0.0)
Requires-Dist: requests (>=2.32.3,<3.0.0)
Requires-Dist: scipy (>=1.10)
Requires-Dist: tqdm (>=4.67.1,<5.0.0)
Description-Content-Type: text/markdown

# cellNexusPy

## Importing the package


```python
from cellnexuspy import get_metadata, get_anndata, get_pseudobulk, keep_quality_cells, get_cell_communication_strength, get_metadata_url, get_census_metadata
```

## Getting the metadata

The `get_metadata()` function returns a database connection and a DuckDB table.

The table can be used to query the metadata, while the connection's main purpose is to be closed when you are finished:


```python
conn, table = get_metadata()

table
```




    ┌─────────┬────────────────────┬──────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────┬──────────┬───────────────┬──────────┬──────────────────────────────┬───────────────────┬───────────────┬────────────────────────────┬───────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬─────────┬───────────────────┬───────────────────────────────────────────┬───────────────────────────────────────────┬───────────────────┬──────────────────────────────┬────────────────────────────────┬───────────────────────┬───────────────────────────────────┬────────────────────────────────┬────────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────────┬───────────────────┬────────────────────────────┬───────────────────────────────────┬────────────────┐
    │ cell_id │ observation_joinid │              dataset_id              │            sample_id             │ donor_id │ feature_count │ age_days │ nFeature_expressed_in_sample │    nCount_RNA     │ empty_droplet │ cell_type_unified_ensemble │ is_immune │ subsets_Mito_percent │ subsets_Ribo_percent │ high_mitochondrion │ high_ribosome │  alive  │ scDblFinder.class │       file_id_cellNexus_single_cell       │       file_id_cellNexus_pseudobulk        │ count_upper_bound │ nfeature_expressed_threshold │ inversed_inferred_distribution │ inferred_distribution │ cell_annotation_blueprint_singler │ cell_annotation_monaco_singler │ cell_annotation_azimuth_l2 │ ethnicity_flagging_score │ low_confidence_ethnicity │ .aggregated_cells │     imputed_ethnicity      │ max_lt_10,min_lt_0,rounding_error │    atlas_id    │
    │ double  │      varchar       │               varchar                │             varchar              │ varchar  │     int32     │  int32   │            int32             │      double       │    boolean    │          varchar           │  boolean  │        int32         │        int32         │      boolean       │    boolean    │ boolean │      varchar      │                  varchar                  │                  varchar                  │      double       │            double            │            varchar             │        varchar        │              varchar              │            varchar             │          varchar           │          double          │         varchar          │       int32       │          varchar           │              varchar              │    varchar     │
    ├─────────┼────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────┼──────────┼───────────────┼──────────┼──────────────────────────────┼───────────────────┼───────────────┼────────────────────────────┼───────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼─────────┼───────────────────┼───────────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────┼───────────────────┼──────────────────────────────┼────────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────────────────────────────┼────────────────────────────────┼────────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────────┼───────────────────┼────────────────────────────┼───────────────────────────────────┼────────────────┤
    │  7951.0 │ V^DVv&wmix         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                          670 │ 9708.425250000011 │ false         │ other                      │ false     │                    2 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ d2503d31d208718efb60a6465c18fbc6___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Myeloid dendritic cells        │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              1852 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │   430.0 │ bE&g|Ty{lq         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                          576 │ 8939.567559999985 │ false         │ other                      │ false     │                    9 │                    1 │ true               │ false         │ false   │ singlet           │ 381372df370b3c43be63752155a871a3___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Myeloid dendritic cells        │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              1852 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │ 10537.0 │ +P10$OJbtq         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                         1846 │ 9877.638559999968 │ false         │ fat                        │ false     │                    1 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Low-density basophils          │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  4681.0 │ `rtxaAa~)4         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                          642 │ 9520.334559999996 │ false         │ endothelial                │ false     │                    3 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │ 10538.0 │ YTZT;WA*H1         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                         1206 │ 9816.731269999993 │ false         │ fat                        │ false     │                    1 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │ 11685.0 │ q6&?h```1s         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                         1378 │ 9663.019840000019 │ false         │ fat                        │ false     │                    3 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ d0d38ac012951a5447aeec0fc8425466___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │ 10539.0 │ {Ij`DT8SD?         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                          929 │ 9834.409859999985 │ false         │ fat                        │ false     │                    1 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Low-density basophils          │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  4682.0 │ s1e`j)^y54         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                         2611 │ 9526.778140000002 │ false         │ endothelial                │ false     │                    3 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  4683.0 │ 0G5XsAaJ&m         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                          517 │ 9317.504780000007 │ false         │ endothelial                │ false     │                    5 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Naive B cells                  │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │ 10540.0 │ GPsK`oVmW=         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254    │         28675 │    14965 │                         1218 │ 9649.032700000002 │ false         │ fat                        │ false     │                    3 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      1.0 │ FALSE                    │              6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │     ·   │     ·              │                  ·                   │                ·                 │   ·      │           ·   │      ·   │                           ·  │         ·         │   ·           │  ·                         │  ·        │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │                     ·                     │                     ·                     │                ·  │                          ·   │   ·                            │   ·                   │     ·                             │        ·                       │  ·                         │                       ·  │  ·                       │                ·  │    ·                       │   ·                               │       ·        │
    │     ·   │     ·              │                  ·                   │                ·                 │   ·      │           ·   │      ·   │                           ·  │         ·         │   ·           │  ·                         │  ·        │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │                     ·                     │                     ·                     │                ·  │                          ·   │   ·                            │   ·                   │     ·                             │        ·                       │  ·                         │                       ·  │  ·                       │                ·  │    ·                       │   ·                               │       ·        │
    │     ·   │     ·              │                  ·                   │                ·                 │   ·      │           ·   │      ·   │                           ·  │         ·         │   ·           │  ·                         │  ·        │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │                     ·                     │                     ·                     │                ·  │                          ·   │   ·                            │   ·                   │     ·                             │        ·                       │  ·                         │                       ·  │  ·                       │                ·  │    ·                       │   ·                               │       ·        │
    │   383.0 │ J{B-bGjV@x         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         3181 │ 9877.072690000026 │ false         │ macrophage                 │ true      │                    1 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 22cd66a3eeb49ef1c186ea2f846dc03d___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Macrophages                       │ Intermediate monocytes         │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │               193 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3647.0 │ 50*CQMf0KD         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         2608 │ 9931.070700000028 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Plasmacytoid dendritic cells   │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3648.0 │ @5&{|*WZq|         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         2319 │ 9817.226980000014 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    1 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3649.0 │ D^LAFhg|nO         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         1952 │ 9823.989399999997 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    1 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │   125.0 │ _<;qBYcHFj         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         1380 │ 9612.758619999995 │ false         │ endothelial                │ false     │                    3 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ d8fff216b3dc37c3cacfaaaedde7a0f7___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Endothelial cells                 │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │               232 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3650.0 │ yTDbu87;&`         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         1666 │ 9909.207340000014 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Fibroblasts                       │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │   551.0 │ ;M2H3@XkSG         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         1047 │ 9781.284659999968 │ false         │ fat                        │ false     │                    1 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ bb75087b60faba4c16747fff65f89682___2.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___2.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Myeloid dendritic cells        │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │               762 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3651.0 │ Mu<B;mUmTL         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         2518 │  9896.72859999997 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3652.0 │ 9Ga-eQKDOJ         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         2951 │ 9847.462019999955 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    1 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Plasmacytoid dendritic cells   │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    │  3653.0 │ S9$uOw>jL<         │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009    │         28675 │    14965 │                         2001 │ 9862.184239999975 │ false         │ mesothelial                │ false     │                    1 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │              10.0 │                        200.0 │ expm1                          │ log1p                 │ Adipocytes                        │ Progenitor cells               │ HSPC                       │                      0.4 │ TRUE                     │              3153 │ African                    │ 0,0,0                             │ hca_2024/0.5.0 │
    ├─────────┴────────────────────┴──────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────┴──────────┴───────────────┴──────────┴──────────────────────────────┴───────────────────┴───────────────┴────────────────────────────┴───────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴─────────┴───────────────────┴───────────────────────────────────────────┴───────────────────────────────────────────┴───────────────────┴──────────────────────────────┴────────────────────────────────┴───────────────────────┴───────────────────────────────────┴────────────────────────────────┴────────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────────┴───────────────────┴────────────────────────────┴───────────────────────────────────┴────────────────┤
    │ ? rows (>9999 rows, 20 shown)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    33 columns │
    └─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘



# Quality control

cellNexusPy metadata provides quality control records such as empty droplets, inoperable cells (death or damaged), doublets, and samples with low gene counts:


```python
table = keep_quality_cells(table)
```

# Join Census metadata

Original Census annotations can be retrieved by the function get_census_metadata(), and registered to lazy tibble format by DuckDB


```python
census_metadata = get_census_metadata("2024-07-01")

census_rel = conn.from_df(census_metadata)
table = table.join(census_rel, ["dataset_id", "observation_joinid"], how="left")
```

# Querying the metadata
The DuckDB table can be queried using a number of methods [described here](https://duckdb.org/docs/api/python/reference/#duckdb.DuckDBPyRelation). In particular:
* [`.filter()`](https://duckdb.org/docs/api/python/reference/#duckdb.DuckDBPyRelation.filter): filters the metadata using a string expression
* [`.aggregate()`](https://duckdb.org/docs/api/python/reference/#duckdb.DuckDBPyRelation.aggregate): groups by one or more columns, and calculates some aggregate statistics such as counts
* [`.fetchdf()`](https://duckdb.org/docs/api/python/reference/#duckdb.DuckDBPyRelation.fetchdf): Executes the query and returns it as a pandas DataFrame


```python
table.aggregate("tissue, cell_type_unified_ensemble, COUNT(*) as n", group_expr="tissue, cell_type_unified_ensemble")
```




    ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────┬────────┐
    │                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tissue                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   │ cell_type_unified_ensemble │   n    │
    │ enum('brodmann (1909) area 4', 'adipose tissue', 'adrenal gland', 'adrenal tissue', 'alveolus of lung', 'ampulla of uterine tube', 'angular gyrus', 'anterior cingulate cortex', 'anterior cingulate gyrus', 'anterior part of tongue', 'anterior wall of left ventricle', 'aorta', 'apex of heart', 'arm skin', 'artery', 'ascending colon', 'axilla', 'basal ganglion', 'basal zone of heart', 'bladder organ', 'blood', 'body of stomach', 'bone marrow', 'bone spine', 'brain', 'brain white matter', 'breast', 'bronchopulmonary lymph node', 'bronchus', 'caecum', 'caecum epithelium', 'cardia of stomach', 'cardiac atrium', 'cardiac ventricle', 'caudal ganglionic eminence', 'caudate lobe of liver', 'caudate nucleus', 'cerebellar cortex', 'cerebellum', 'cerebellum vermis lobule', 'cerebral cortex', 'cerebral nuclei', 'cervical lymph node', 'cervical spinal cord white matter', 'chorionic villus', 'chorioretinal region', 'choroid plexus', 'ciliary body', 'cingulate cortex', 'colon', 'colonic epithelium', 'conjunctiva', 'cornea', 'corneo-scleral junction', 'coronary artery', 'cortex of kidney', 'decidua', 'decidua basalis', 'dentate nucleus', 'dermis', 'descending colon', 'dorsolateral prefrontal cortex', 'duodeno-jejunal junction', 'duodenum', 'endocrine pancreas', 'endometrium', 'entorhinal cortex', 'epithelium of esophagus', 'epithelium of small intestine', 'epithelium of trachea', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'esophagus muscularis mucosa', 'exocrine pancreas', 'eye', 'eye trabecular meshwork', 'fallopian tube', 'fimbria of uterine tube', 'forebrain', 'fovea centralis', 'frontal cortex', 'frontal lobe', 'gallbladder', 'ganglionic eminence', 'gastrocnemius', 'gingiva', 'gonad', 'gut wall', 'heart', 'heart left ventricle', 'heart right ventricle', 'hemisphere part of cerebellar posterior lobe', 'hepatic cecum', 'hepatic flexure of colon', 'hindgut', 'hindlimb skin', 'hippocampal formation', 'hypothalamus', 'ileal epithelium', 'ileum', 'inguinal lymph node', 'inguinal region skin', 'insular cortex', 'interventricular septum', 'intestine', 'iris', 'islet of langerhans', 'isthmus of fallopian tube', 'jejunal epithelium', 'jejunum', 'kidney', 'kidney blood vessel', 'lacrimal gland', 'lamina propria', 'lamina propria of large intestine', 'lamina propria of mucosa of colon', 'lamina propria of small intestine', 'large intestine', 'lateral ganglionic eminence', 'left cardiac atrium', 'left colon', 'left frontal lobe', 'left lung', 'left parietal lobe', 'left temporal lobe', 'lens of camera-type eye', 'lingula of left lung', 'liver', 'lower esophagus', 'lower leg skin', 'lower lobe of left lung', 'lower lobe of right lung', 'lung', 'lung parenchyma', 'lymph node', 'macula lutea', 'macula lutea proper', 'mammary gland', 'medial ganglionic eminence', 'medial orbital frontal cortex', 'mesenteric artery', 'mesenteric lymph node', 'midbrain', 'middle lobe of right lung', 'middle temporal gyrus', 'mucosa', 'muscle of abdomen', 'muscle of pelvic diaphragm', 'muscle organ', 'muscle tissue', 'myelencephalon', 'myometrium', 'nasal cavity', 'nasopharynx', 'neural tube', 'nose', 'nose skin', 'occipital cortex', 'occipital lobe', 'omental fat pad', 'omentum', 'orbitofrontal cortex', 'ovary', 'pancreas', 'parietal cortex', 'parietal lobe', 'parotid gland', 'perifoveal part of retina', 'peripheral region of retina', 'peripheral zone of prostate', 'perirenal fat', 'pigment epithelium of eye', 'placenta', 'pleura', 'pleural effusion', 'pons', 'posterior part of tongue', 'prefrontal cortex', 'primary auditory cortex', 'primary motor cortex', 'primary somatosensory cortex', 'primary visual cortex', 'prostate gland', 'putamen', 'pyloric antrum', 'rectum', 'rectus abdominis muscle', 'renal medulla', 'renal papilla', 'renal pelvis', 'respiratory airway', 'retina', 'retinal neural layer', 'rib', 'right cardiac atrium', 'right colon', 'right frontal lobe', 'right lung', 'right occipital lobe', 'right parietal lobe', 'right temporal lobe', 'saliva', 'scalp', 'sclera', 'sigmoid colon', 'skeletal muscle tissue', 'skin epidermis', 'skin of abdomen', 'skin of back', 'skin of body', 'skin of cheek', 'skin of chest', 'skin of external ear', 'skin of face', 'skin of forearm', 'skin of forehead', 'skin of hip', 'skin of leg', 'skin of pes', 'skin of prepuce of penis', 'skin of scalp', 'skin of shoulder', 'skin of temple', 'skin of trunk', 'small intestine', 'spinal cord', 'spleen', 'stomach', 'subcutaneous abdominal adipose tissue', 'subcutaneous adipose tissue', 'sublingual gland', 'submucosa of ascending colon', 'submucosa of ileum', 'submucosal esophageal gland', 'substantia nigra pars compacta', 'superior frontal gyrus', 'telencephalon', 'temporal cortex', 'temporal lobe', 'temporoparietal junction', 'tendon of semitendinosus', 'testis', 'thalamic complex', 'thoracic lymph node', 'thymus', 'thyroid gland', 'tongue', 'tonsil', 'trachea', 'transition zone of prostate', 'transverse colon', 'umbilical cord blood', 'upper lobe of left lung', 'upper lobe of right lung', 'upper outer quadrant of breast', 'ureter', 'uterine cervix', 'uterus', 'vasculature', 'vault of skull', 'vein', 'venous blood', 'vermiform appendix', 'visceral abdominal adipose tissue', 'white matter of cerebellum', 'yolk sac', 'zone of skin') │          varchar           │ int64  │
    ├───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────┼────────┤
    │ lung                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      │ pneumocyte                 │ 151237 │
    │ lung parenchyma                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           │ muscle                     │   2215 │
    │ respiratory airway                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ cd4 tcm                    │    233 │
    │ colonic epithelium                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ endocrine                  │    193 │
    │ hippocampal formation                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ pericyte                   │    233 │
    │ bone marrow                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ t cd4                      │   3465 │
    │ bone marrow                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ cd8 tem                    │   8870 │
    │ pons                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      │ neuron                     │  89904 │
    │ pons                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      │ progenitor                 │    965 │
    │ myelencephalon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │ pericyte                   │    186 │
    │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   │    ·                       │     ·  │
    │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   │    ·                       │     ·  │
    │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   │    ·                       │     ·  │
    │ endocrine pancreas                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ endothelial                │    140 │
    │ endocrine pancreas                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ cd4 fh em                  │      1 │
    │ aorta                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ t                          │    138 │
    │ parietal lobe                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ dc                         │      9 │
    │ temporal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           │ tgd                        │      1 │
    │ caudate nucleus                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           │ endothelial                │    338 │
    │ vault of skull                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │ immune                     │     11 │
    │ intestine                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 │ reproductive               │      9 │
    │ intestine                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 │ mait                       │      1 │
    │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │ Unknown                    │      2 │
    ├───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────┴────────┤
    │ 6325 rows (20 shown)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3 columns │
    └─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘




```python
table.filter("self_reported_ethnicity == 'African American'")
```




    ┌─────────┬────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────┬───────────────┬──────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬──────────────────────┬───────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬─────────┬───────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────┬───────────────────┬──────────────────────┬────────────────┬─────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬─────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────┬──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬─────────┬───────┬────────────────────┬────────────────────┬─────────────────┐
    │ cell_id │ observation_joinid │      dataset_id      │      sample_id       │  donor_id  │ feature_count │ age_days │ nFeature_expressed…  │     nCount_RNA     │ empty_droplet │ cell_type_unified_…  │ is_immune │ subsets_Mito_percent │ subsets_Ribo_percent │ high_mitochondrion │ high_ribosome │  alive  │ scDblFinder.class │ file_id_cellNexus_…  │ file_id_cellNexus_…  │ count_upper_bound │ nfeature_expressed…  │ inversed_inferred_…  │ inferred_distribut…  │ cell_annotation_bl…  │ cell_annotation_mo…  │ cell_annotation_az…  │ ethnicity_flagging…  │ low_confidence_eth…  │ .aggregated_cells │ imputed_ethnicity │ max_lt_10,min_lt_0…  │    atlas_id    │ soma_joinid │        assay         │ assay_ontology_ter…  │      cell_type       │ cell_type_ontology…  │  development_stage   │ development_stage_…  │       disease        │ disease_ontology_t…  │       donor_id       │ is_primary_data │ self_reported_ethn…  │ self_reported_ethn…  │         sex          │ sex_ontology_term_id │   suspension_type    │                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tissue                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tissue_ontology_term_id                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           │  tissue_type   │                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tissue_general                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                │                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tissue_general_ontology_term_id                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   │ raw_sum │  nnz  │    raw_mean_nnz    │  raw_variance_nnz  │ n_measured_vars │
    │ double  │      varchar       │       varchar        │       varchar        │  varchar   │     int32     │  int32   │        int32         │       double       │    boolean    │       varchar        │  boolean  │        int32         │        int32         │      boolean       │    boolean    │ boolean │      varchar      │       varchar        │       varchar        │      double       │        double        │       varchar        │       varchar        │       varchar        │       varchar        │       varchar        │        double        │       varchar        │       int32       │      varchar      │       varchar        │    varchar     │    int64    │ enum('10x 3'' tran…  │ enum('efo:0008722'…  │ enum('a2 amacrine …  │ enum('cl:0000001',…  │ enum('1-month-old …  │ enum('hsapdv:00000…  │ enum('alzheimer di…  │ enum('mondo:000026…  │ enum('#105', '#138…  │     boolean     │ enum('african', 'a…  │ enum('hancestro:00…  │ enum('female', 'ma…  │ enum('pato:0000383…  │ enum('cell', 'nucl…  │ enum('brodmann (1909) area 4', 'adipose tissue', 'adrenal gland', 'adrenal tissue', 'alveolus of lung', 'ampulla of uterine tube', 'angular gyrus', 'anterior cingulate cortex', 'anterior cingulate gyrus', 'anterior part of tongue', 'anterior wall of left ventricle', 'aorta', 'apex of heart', 'arm skin', 'artery', 'ascending colon', 'axilla', 'basal ganglion', 'basal zone of heart', 'bladder organ', 'blood', 'body of stomach', 'bone marrow', 'bone spine', 'brain', 'brain white matter', 'breast', 'bronchopulmonary lymph node', 'bronchus', 'caecum', 'caecum epithelium', 'cardia of stomach', 'cardiac atrium', 'cardiac ventricle', 'caudal ganglionic eminence', 'caudate lobe of liver', 'caudate nucleus', 'cerebellar cortex', 'cerebellum', 'cerebellum vermis lobule', 'cerebral cortex', 'cerebral nuclei', 'cervical lymph node', 'cervical spinal cord white matter', 'chorionic villus', 'chorioretinal region', 'choroid plexus', 'ciliary body', 'cingulate cortex', 'colon', 'colonic epithelium', 'conjunctiva', 'cornea', 'corneo-scleral junction', 'coronary artery', 'cortex of kidney', 'decidua', 'decidua basalis', 'dentate nucleus', 'dermis', 'descending colon', 'dorsolateral prefrontal cortex', 'duodeno-jejunal junction', 'duodenum', 'endocrine pancreas', 'endometrium', 'entorhinal cortex', 'epithelium of esophagus', 'epithelium of small intestine', 'epithelium of trachea', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'esophagus muscularis mucosa', 'exocrine pancreas', 'eye', 'eye trabecular meshwork', 'fallopian tube', 'fimbria of uterine tube', 'forebrain', 'fovea centralis', 'frontal cortex', 'frontal lobe', 'gallbladder', 'ganglionic eminence', 'gastrocnemius', 'gingiva', 'gonad', 'gut wall', 'heart', 'heart left ventricle', 'heart right ventricle', 'hemisphere part of cerebellar posterior lobe', 'hepatic cecum', 'hepatic flexure of colon', 'hindgut', 'hindlimb skin', 'hippocampal formation', 'hypothalamus', 'ileal epithelium', 'ileum', 'inguinal lymph node', 'inguinal region skin', 'insular cortex', 'interventricular septum', 'intestine', 'iris', 'islet of langerhans', 'isthmus of fallopian tube', 'jejunal epithelium', 'jejunum', 'kidney', 'kidney blood vessel', 'lacrimal gland', 'lamina propria', 'lamina propria of large intestine', 'lamina propria of mucosa of colon…  │ enum('uberon:0000002', 'uberon:0000004', 'uberon:0000006', 'uberon:0000014', 'uberon:0000016', 'uberon:0000017', 'uberon:0000029', 'uberon:0000030', 'uberon:0000053', 'uberon:0000056', 'uberon:0000059', 'uberon:0000160', 'uberon:0000175', 'uberon:0000178', 'uberon:0000310', 'uberon:0000328', 'uberon:0000344', 'uberon:0000362', 'uberon:0000397', 'uberon:0000400', 'uberon:0000403', 'uberon:0000451', 'uberon:0000453', 'uberon:0000473', 'uberon:0000945', 'uberon:0000947', 'uberon:0000948', 'uberon:0000955', 'uberon:0000956', 'uberon:0000964', 'uberon:0000965', 'uberon:0000966', 'uberon:0000970', 'uberon:0000977', 'uberon:0000988', 'uberon:0000991', 'uberon:0000992', 'uberon:0000995', 'uberon:0001003', 'uberon:0001005', 'uberon:0001013', 'uberon:0001040', 'uberon:0001043', 'uberon:0001046', 'uberon:0001049', 'uberon:0001052', 'uberon:0001068', 'uberon:0001085', 'uberon:0001117', 'uberon:0001134', 'uberon:0001153', 'uberon:0001154', 'uberon:0001155', 'uberon:0001156', 'uberon:0001157', 'uberon:0001158', 'uberon:0001159', 'uberon:0001161', 'uberon:0001162', 'uberon:0001165', 'uberon:0001224', 'uberon:0001225', 'uberon:0001228', 'uberon:0001238', 'uberon:0001264', 'uberon:0001295', 'uberon:0001296', 'uberon:0001384', 'uberon:0001388', 'uberon:0001416', 'uberon:0001459', 'uberon:0001471', 'uberon:0001483', 'uberon:0001511', 'uberon:0001513', 'uberon:0001542', 'uberon:0001554', 'uberon:0001621', 'uberon:0001630', 'uberon:0001637', 'uberon:0001638', 'uberon:0001707', 'uberon:0001723', 'uberon:0001728', 'uberon:0001769', 'uberon:0001773', 'uberon:0001775', 'uberon:0001786', 'uberon:0001811', 'uberon:0001817', 'uberon:0001828', 'uberon:0001831', 'uberon:0001832', 'uberon:0001836', 'uberon:0001868', 'uberon:0001870', 'uberon:0001871', 'uberon:0001872', 'uberon:0001873', 'uberon:0001874', 'uberon:0001886', 'uberon:0001890', 'uberon:0001891', 'uberon:0001893', 'uberon:0001898', 'uberon:0001901', 'uberon:0001902', 'uberon:0001911', 'uberon:0001965', 'uberon:0001976', 'uberon:0001987', 'uberon:0002021', 'uberon:0002037', 'uberon:0002046', 'uberon:0002048', 'uberon:0002049', 'uberon:0002067', 'uberon:0002078', 'uberon:0002079', 'uberon:0002080', 'uberon:0002081', 'uberon:0002082', 'uberon:0002084', 'uberon:0002094', 'uberon:0002097', 'uberon:0002098', 'uberon:0002106', 'uberon:0002107', 'uberon:0002108', 'uberon:0002110', 'uberon:0002113', 'uberon:0002114', 'uberon:0002115', 'uberon:0002116', 'uberon:0002129', 'uberon:0002132', 'uberon:0002167', 'uberon:0002168', 'uberon:0002170', 'uberon:0002171', 'uberon:0002174', 'uberon:0002185', 'uberon:0002190', 'uberon:0002228', 'uberon:0002240', 'uberon:0002299', 'uberon:0002317', 'uberon:0002367', 'uberon:0002369', 'uberon:0002370', 'uberon:0002371', 'uberon:0002372', 'uberon:0002378', 'uberon:0002382', 'uberon:0002385', 'uberon:0002420', 'uberon:0002421', 'uberon:0002427', 'uberon:0002429', 'uberon:0002436', 'uberon:0002450', 'uberon:0002509', 'uberon:0002661', 'uberon:0002686', 'uberon:0002728', 'uberon:0002756', 'uberon:0002771', 'uberon:0002802', 'uberon:0002803', 'uberon:0002807', 'uberon:0002808', 'uberon:0002809', 'uberon:0002810', 'uberon:0002811', 'uberon:0002822', 'uberon:0003027', 'uberon:0003126', 'uberon:0003403', 'uberon:0003517', 'uberon:0003532', 'uberon:0003544', 'uberon:0003688', 'uberon:0003889', 'uberon:0003902', 'uberon:0004023', 'uberon:0004024', 'uberon:0004025', 'uberon:0004026', 'uberon:0004070', 'uberon:0004167', 'uberon:0004264', 'uberon:0004339', 'uberon:0004648', 'uberon:0004929', 'uberon:0004946', 'uberon:0005290', 'uberon:0005406', 'uberon:0005616', 'uberon:0005636', 'uberon:0005969', 'uberon:0006761', 'uberon:0007106', 'uberon:0007177', 'uberon:0007625', 'uberon:0007644', 'uberon:0007650', 'uberon:0008345', 'uberon:0008612', 'uberon:0008803', 'uberon:0008933', 'uberon:0008946', 'uberon:0008952', 'uberon:0008953', 'uberon:0008954', 'uberon:0008971', 'uberon:0008972', 'uberon:0008989', 'uberon:0009472', 'uberon:0009834', 'uberon:0009835', 'uberon:0010032', 'uberon:0010033', 'uberon:0010225', 'uberon:0010414', 'uberon:0011189', 'uberon:0012168', 'uberon:0012474', 'uberon:0012648', 'uberon:0013473', 'uberon:0013535', 'uberon:0013682', 'uberon:0013706', 'uberon:0013756', 'uberon:0014454', 'uberon:0014455', 'uberon:0014614', 'uberon:0014648', 'uberon:0015476', 'uberon:0016475', 'uberon:0016525', 'uberon:0016530', 'uberon:0016538', 'uberon:0016540', 'uberon:0016632', 'uberon:0018105', 'uberon:0018303', 'uberon:0018707', 'uberon:0019207', 'uberon:0022277', 'uberon:0022352', 'uberon:0023852', 'uberon:0034751', 'uberon:0034891', 'uberon:0035213', 'uberon:0035328', 'uberon:0036288', 'uberon:0039167', 'uberon:1000021', 'uberon:8300000', 'uberon:8410000', 'uberon:8410010', 'uberon:8410021', 'uberon:8410025', 'uberon:8410026', 'uberon:8440012', 'uberon:8480009', 'uberon:8480028') │ enum('tissue') │ enum('adipose tissue', 'adrenal gland', 'axilla', 'bladder organ', 'blood', 'bone marrow', 'brain', 'breast', 'central nervous system', 'colon', 'digestive system', 'embryo', 'endocrine gland', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'exocrine gland', 'eye', 'fallopian tube', 'gallbladder', 'heart', 'immune system', 'intestine', 'kidney', 'lamina propria', 'large intestine', 'liver', 'lung', 'lymph node', 'mucosa', 'musculature', 'nose', 'omentum', 'ovary', 'pancreas', 'placenta', 'pleura', 'pleural fluid', 'prostate gland', 'reproductive system', 'respiratory system', 'saliva', 'scalp', 'skeletal system', 'skin of body', 'small intestine', 'spinal cord', 'spleen', 'stomach', 'tendon of semitendinosus', 'testis', 'tongue', 'ureter', 'uterus', 'vasculature', 'yolk sac') │ enum('uberon:0000004', 'uberon:0000029', 'uberon:0000030', 'uberon:0000056', 'uberon:0000059', 'uberon:0000160', 'uberon:0000178', 'uberon:0000310', 'uberon:0000344', 'uberon:0000403', 'uberon:0000473', 'uberon:0000922', 'uberon:0000945', 'uberon:0000948', 'uberon:0000955', 'uberon:0000970', 'uberon:0000977', 'uberon:0000990', 'uberon:0000992', 'uberon:0000995', 'uberon:0001004', 'uberon:0001007', 'uberon:0001013', 'uberon:0001015', 'uberon:0001017', 'uberon:0001040', 'uberon:0001043', 'uberon:0001087', 'uberon:0001155', 'uberon:0001264', 'uberon:0001434', 'uberon:0001723', 'uberon:0001836', 'uberon:0001987', 'uberon:0002048', 'uberon:0002049', 'uberon:0002097', 'uberon:0002106', 'uberon:0002107', 'uberon:0002108', 'uberon:0002110', 'uberon:0002113', 'uberon:0002240', 'uberon:0002365', 'uberon:0002367', 'uberon:0002368', 'uberon:0002369', 'uberon:0002371', 'uberon:0002405', 'uberon:0003688', 'uberon:0003889', 'uberon:0007650', 'uberon:0009472', 'uberon:0018707', 'uberon:8480009') │ double  │ int64 │       double       │       double       │      int64      │
    ├─────────┼────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────┼───────────────┼──────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼──────────────────────┼───────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼─────────┼───────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────┼───────────────────┼──────────────────────┼────────────────┼─────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼─────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼─────────┼───────┼────────────────────┼────────────────────┼─────────────────┤
    │   265.0 │ k_#_7f&#rB         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                  442 │         9922.33177 │ false         │ other                │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 77344a30b816ff6dee…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Skeletal muscle      │ Myeloid dendritic …  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │                28 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838035 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ macrophage           │ CL:0000235           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │   515.0 │   446 │  1.154708520179372 │  1.358033959792412 │           25683 │
    │  9871.0 │ p~chV-UL{&         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 5089 │  9931.554129999957 │ false         │ neuron               │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5ce12149f4b0c11f3e…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              4055 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838036 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ L2/3 intratelencep…  │ CL:4030059           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13993.0 │  5128 │ 2.7287441497659906 │ 130.75515566848537 │           25683 │
    │  9872.0 │ Lgf>oW$Ft*         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 3553 │  9938.704609999992 │ false         │ neuron               │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5ce12149f4b0c11f3e…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              4055 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838037 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ L2/3 intratelencep…  │ CL:4030059           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  8627.0 │  3577 │  2.411797595750629 │ 57.611974871772745 │           25683 │
    │  3946.0 │ wn^(iM8FAn         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 1212 │  9871.732160000014 │ false         │ glial                │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 343befeef49b2a7675…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              6309 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838038 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ oligodendrocyte      │ CL:0000128           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  1941.0 │  1227 │ 1.5819070904645476 │ 13.341368953840385 │           25683 │
    │  2408.0 │ a88;d9>oHo         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 2704 │  9939.229370000005 │ false         │ neuron               │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ bf5a1a220ea147c6a2…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              4055 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838039 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ sst GABAergic cort…  │ CL:4023017           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  4927.0 │  2720 │ 1.8113970588235293 │ 28.451727359755964 │           25683 │
    │  2409.0 │ h7Xok7<UnO         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 3849 │  9915.579160000016 │ false         │ neuron               │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ bf5a1a220ea147c6a2…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              4055 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838040 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ sst GABAergic cort…  │ CL:4023017           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  8973.0 │  3878 │  2.313821557503868 │ 37.447273449707964 │           25683 │
    │  6555.0 │ QVt11XFi(*         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 1591 │  9969.284979999993 │ false         │ glial                │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 966bed86bb8ca8ffff…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Progenitor cells     │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              6309 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838041 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ astrocyte            │ CL:0000127           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  2926.0 │  1595 │ 1.8344827586206895 │ 61.913615714100295 │           25683 │
    │  6556.0 │ 5GYN#%9?S8         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 1657 │   9945.61770999997 │ false         │ glial                │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 966bed86bb8ca8ffff…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Naive B cells        │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              6309 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838042 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ astrocyte            │ CL:0000127           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  2751.0 │  1661 │ 1.6562311860325105 │ 15.676330124834074 │           25683 │
    │  6557.0 │ gfC1fVA?A2         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 1219 │         9920.54647 │ false         │ glial                │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 966bed86bb8ca8ffff…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Progenitor cells     │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              6309 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838043 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ astrocyte            │ CL:0000127           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │  1760.0 │  1231 │  1.429731925264013 │  7.165586838646616 │           25683 │
    │  9873.0 │ Ut29>y@Hb0         │ 3c361813-5d5e-4868…  │ fb0b7aba6c102350df…  │ HSB340     │         27930 │     6935 │                 4756 │  9951.065519999942 │ false         │ neuron               │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5ce12149f4b0c11f3e…  │ 2b46c2a7757dc3ae82…  │              10.0 │                200.0 │ expm1                │ log1p                │ Neurons              │ Plasmacytoid dendr…  │ Eryth                │                  1.0 │ FALSE                │              4055 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    47838044 │ 10x 3' v3            │ EFO:0009922          │ L2/3 intratelencep…  │ CL:4030059           │ 19-year-old human …  │ HsapDv:0000113       │ normal               │ PATO:0000461         │ HSB340               │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ nucleus              │ dorsolateral prefrontal cortex                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              │ UBERON:0009834                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ brain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0000955                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 14064.0 │  4777 │ 2.9441071802386434 │  181.0925621057629 │           25683 │
    │     ·   │     ·              │          ·           │          ·           │   ·        │           ·   │       ·  │                   ·  │              ·     │   ·           │   ·                  │   ·       │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │          ·           │          ·           │                ·  │                  ·   │   ·                  │   ·                  │    ·                 │       ·              │   ·                  │                   ·  │  ·                   │                ·  │        ·          │   ·                  │       ·        │        ·    │    ·                 │      ·               │        ·             │     ·                │          ·           │       ·              │   ·                  │      ·               │   ·                  │  ·              │        ·             │       ·              │  ·                   │      ·               │  ·                   │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    │   ·            │   ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │    ·    │    ·  │          ·         │          ·         │             ·   │
    │     ·   │     ·              │          ·           │          ·           │   ·        │           ·   │       ·  │                   ·  │              ·     │   ·           │   ·                  │   ·       │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │          ·           │          ·           │                ·  │                  ·   │   ·                  │   ·                  │    ·                 │       ·              │   ·                  │                   ·  │  ·                   │                ·  │        ·          │   ·                  │       ·        │        ·    │    ·                 │      ·               │        ·             │     ·                │          ·           │       ·              │   ·                  │      ·               │   ·                  │  ·              │        ·             │       ·              │  ·                   │      ·               │  ·                   │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    │   ·            │   ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │    ·    │    ·  │          ·         │          ·         │             ·   │
    │     ·   │     ·              │          ·           │          ·           │   ·        │           ·   │       ·  │                   ·  │              ·     │   ·           │   ·                  │   ·       │                    · │                    · │   ·                │   ·           │  ·      │    ·              │          ·           │          ·           │                ·  │                  ·   │   ·                  │   ·                  │    ·                 │       ·              │   ·                  │                   ·  │  ·                   │                ·  │        ·          │   ·                  │       ·        │        ·    │    ·                 │      ·               │        ·             │     ·                │          ·           │       ·              │   ·                  │      ·               │   ·                  │  ·              │        ·             │       ·              │  ·                   │      ·               │  ·                   │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    │   ·            │   ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          │       ·                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            │    ·    │    ·  │          ·         │          ·         │             ·   │
    │  1246.0 │ !_TSaZ&35U         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3040 │          3244.9185 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Th1/Th17 cells       │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105638 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 14367.0 │  3220 │ 4.4618012422360245 │ 1289.0768255833473 │           30431 │
    │  6226.0 │ *16)8Sy08E         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 4014 │  4655.902800000001 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Th17 cells           │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105639 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 14308.0 │  4225 │  3.386508875739645 │  538.3446569616281 │           30431 │
    │  9560.0 │ Ga2rn!2a(e         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3699 │         3921.20777 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Plasmablasts         │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105640 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 14230.0 │  3869 │  3.677952959421039 │  714.4277997382209 │           30431 │
    │  7134.0 │ h(rvlMNhmI         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3498 │         3700.48421 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Plasmablasts         │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105641 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 14150.0 │  3670 │ 3.8555858310626703 │  728.0805288881066 │           30431 │
    │  1627.0 │ 8Er2e&$(Rs         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 4397 │  6144.640160000001 │ false         │ progenitor           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ a0696b505bea9a4df5…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Plasmablasts         │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │               277 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105642 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ transit amplifying…  │ CL:0009010           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13956.0 │  4604 │ 3.0312771503040836 │ 275.65359463183927 │           30431 │
    │   795.0 │ 2S7KaT_5*G         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 4120 │  5089.746819999999 │ false         │ progenitor           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ a0696b505bea9a4df5…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ T regulatory cells   │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │               277 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105643 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ transit amplifying…  │ CL:0009010           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13687.0 │  4328 │ 3.1624306839186693 │ 318.82292840980017 │           30431 │
    │ 10719.0 │ y_!C#>%F&a         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3250 │ 3592.4181200000003 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Myeloid dendritic …  │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105644 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13602.0 │  3467 │ 3.9232766080184596 │  972.6744349618388 │           30431 │
    │  7931.0 │ ktSwk(zTkS         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3483 │ 3514.8179800000003 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ T regulatory cells   │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105645 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13558.0 │  3626 │  3.739106453392168 │  707.5732950910093 │           30431 │
    │  4083.0 │ bE1j+Jz8Ns         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3243 │         4356.59641 │ false         │ progenitor           │ false     │                    0 │                    1 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ a0696b505bea9a4df5…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ Plasmacytoid dendr…  │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │               277 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105646 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ transit amplifying…  │ CL:0009010           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13496.0 │  3441 │  3.922115664051148 │  769.1381183133622 │           30431 │
    │ 10255.0 │ BUux&YuP91         │ d6dfdef1-406d-4efb…  │ 9ea072fe5cbd55a60f…  │ HTA11_7862 │         30717 │    18980 │                 3363 │         3460.18517 │ false         │ epithelial           │ false     │                    0 │                    0 │ false              │ false         │ true    │ singlet           │ 5881bee5e3920f28de…  │ 2868486572a4e08177…  │              10.0 │                200.0 │ identity             │ raw_negative_scaled  │ Epithelial cells     │ MAIT cells           │ NK Proliferating     │                 NULL │ NULL                 │              1068 │ African American  │ 0,0,0                │ hca_2024/0.5.0 │    17105647 │ TruDrop              │ EFO:0700010          │ absorptive cell      │ CL:0000212           │ 52-year-old human …  │ HsapDv:0000146       │ normal               │ PATO:0000461         │ HTA11_7862           │ true            │ African American     │ HANCESTRO:0568       │ male                 │ PATO:0000384         │ cell                 │ sigmoid colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               │ UBERON:0001159                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             │ tissue         │ colon                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        │ UBERON:0001155                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     │ 13383.0 │  3515 │ 3.8073968705547654 │  938.7127511899163 │           30431 │
    ├─────────┴────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────┴───────────────┴──────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴──────────────────────┴───────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴─────────┴───────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────┴───────────────────┴──────────────────────┴────────────────┴─────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴─────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴─────────┴───────┴────────────────────┴────────────────────┴─────────────────┤
    │ ? rows (>9999 rows, 20 shown)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     59 columns │
    └──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘



# Query raw counts

Once you have filtered your query accordingly, you can pass it into `get_anndata()` to obtain an AnnData object:


```python
adata = table.filter("""
                     self_reported_ethnicity == 'African American' AND
                     assay == '10x 3'' v3' AND
                     tissue == 'breast' AND
                     cell_type == 'T cell'
                     """).get_anndata(assays = "counts")

adata
```




    AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 33145
        obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
        layers: 'counts'



# Query counts scaled per million

You can query counts scaled per million. This is helpful if just few genes are of interest:


```python
adata = table.filter("""
                     self_reported_ethnicity == 'African American' AND
                     assay == '10x 3'' v3' AND
                     tissue == 'breast' AND
                     cell_type == 'T cell'
                     """).get_anndata(assays = 'cpm')
adata
```




    AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 33145
        obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
        layers: 'cpm'



# Query SCT normalized counts

You can query counts normalized using SCT (Single-Cell Transform):


```python
adata = table.filter("""
                     self_reported_ethnicity == 'African American' AND
                     assay == '10x 3'' v3' AND
                     tissue == 'breast' AND
                     cell_type == 'T cell'
                     """).get_anndata(assays = 'sct')
adata
```

    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/anndata.py:740: UserWarning: 
    AnnData expects .obs.index to contain strings, but got values like:
        [0, 1, 2, 3, 4]
    
        Inferred to be: integer
    
      value_idx = self._prep_dim_index(value.index, attr)
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(
    /home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
      concat_annot = pd.concat(





    AnnData object with n_obs × n_vars = 1193 × 33145
        obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
        layers: 'sct'



# Query pseudobulk

cellNexusPy metadata allows to work with pseudobulk data:


```python
adata = table.filter("""
                     assay == '10x 5'' v1' AND
                     tissue == 'lung' AND
                     cell_type == 'classical monocyte'
                     """).get_pseudobulk()
adata
```

    /home/juan/Documents/projects/cellNexusPy/cellnexuspy/__init__.py:431: UserWarning: cellNexusPy says: Not all genes completely overlap across the provided objects. Counts are generated by genes intersection.
      warnings.warn(





    AnnData object with n_obs × n_vars = 146 × 15888
        obs: 'sample_id', 'cell_type_unified_ensemble', 'dataset_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'empty_droplet', 'is_immune', 'high_mitochondrion', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'n_measured_vars'
        layers: 'counts'



# Download cell communication metadata

Cell communication metadata was generated based on post-QC cells per sample using CellChat v2 method. It uses our harmonised cell type annotation (cell_type_unified_ensemble) to infer the communication. It captures inferred communication at both the ligand–receptor pair level and the signalling pathway level.

* interaction_count: The number of inferred interactions between each pair of cell groups.
* interaction_weight: The aggregated communication strength between each pair of cell groups.

For definitions of additional annotations, please refer to the CellChat v2 documentation: https://github.com/jinworks/CellChat.

For demonstration purpose, read cell communication metadata from a demo file here. Users do not need to specify `parquet_url` argument in this case.


```python
get_cell_communication_strength(cloud_metadata =  "cellNexus_lr_signaling_pathway_strength_DEMO.parquet")
```




    (<duckdb.duckdb.DuckDBPyConnection at 0x79e7d6a99870>,
     ┌───────────┬─────────┬─────────┬───────────┬────────────────────────┬─────────┬─────────────────────┬─────────────────────────┬──────────────┬────────────────────┬────────────────┬───────────────────────┬────────────────────┬──────────────────────────────────┬───────────────────┬─────────────────────┐
     │  source   │ target  │ ligand  │ receptor  │        lr_prob         │ lr_pval │  interaction_name   │   interaction_name_2    │ pathway_name │     annotation     │    evidence    │     pathway_prob      │    pathway_pval    │            sample_id             │ interaction_count │ interaction_weight  │
     │  varchar  │ varchar │ varchar │  varchar  │         double         │ double  │       varchar       │         varchar         │   varchar    │      varchar       │    varchar     │        double         │       double       │             varchar              │      double       │       double        │
     ├───────────┼─────────┼─────────┼───────────┼────────────────────────┼─────────┼─────────────────────┼─────────────────────────┼──────────────┼────────────────────┼────────────────┼───────────────────────┼────────────────────┼──────────────────────────────────┼───────────────────┼─────────────────────┤
     │ b         │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │ 0.00011572297912110056 │     1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0004201449591179544 │                1.0 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              24.0 │  0.6718443772855172 │
     │ b memory  │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │  0.0008647641397195719 │     1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │  0.001845932371036158 │                1.0 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              27.0 │  0.6520273348503719 │
     │ b naive   │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │  0.0006964938883689721 │    0.99 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0014559020673046948 │ 0.9944444444444445 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              19.0 │  0.7177834557225372 │
     │ cd14 mono │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │  0.0024049907871326443 │    0.81 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │  0.004716764702589936 │ 0.9244444444444444 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              46.0 │  0.5737335068227721 │
     │ cd4 naive │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │  0.0009571851813537339 │     1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0020071802827783644 │ 0.9977777777777778 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              21.0 │ 0.33115603633814017 │
     │ cd4 tem   │ b       │ TGFB1   │ TGFbR1_R2 │  0.0024169229493851787 │    0.76 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb         │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0046745766723373895 │ 0.7966666666666666 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │              23.0 │  0.3335206917229981 │
     └───────────┴─────────┴─────────┴───────────┴────────────────────────┴─────────┴─────────────────────┴─────────────────────────┴──────────────┴────────────────────┴────────────────┴───────────────────────┴────────────────────┴──────────────────────────────────┴───────────────────┴─────────────────────┘)



## Extract only a subset of genes

We can query a subset of genes. Notice how the result only has `nvars = 1`:


```python
adata = table.filter("""
                     self_reported_ethnicity == 'African American' AND
                     assay == '10x 3'' v3' AND
                     tissue == 'breast' AND
                     cell_type == 'T cell'
                     """).get_anndata(assays = "cpm", features = ['ENSG00000134644'])

adata
```




    AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 1
        obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
        layers: 'cpm'



# Visualizing gene expression

Taking advantage of the `AnnData` object, we can use `scanpy` library to visualize gene expression gfor a groups of interest:


```python
adata = table.filter("""
    cell_type_unified_ensemble = 'cd14 mono'
""").get_anndata(assays = 'cpm')
```


```python
from matplotlib.pyplot import rc_context
import scanpy as sc

with rc_context({"figure.figsize": (15, 5)}):
    sc.pl.violin(adata, ["ENSG00000085265"], groupby="disease",rotation=90)

```


    
![png](README_files/README_26_0.png)
    


Furthermore, it is possible to use `matplotlib` to generate customized plots:


```python
import matplotlib.pyplot as plt

gene = "ENSG00000085265"
group = "tissue"

# Compute mean expression per condition
mean_expr = adata.to_df()[gene].groupby(adata.obs[group]).mean()

# Plot
colors = plt.cm.tab20.colors[:len(mean_expr)]

plt.figure(figsize=(15,5))
plt.bar(mean_expr.index, mean_expr.values,color=colors)
plt.ylabel(f"Mean expression of {gene}")
plt.xticks(rotation=90)
plt.title(f"{gene} expression per {group}")
plt.show()
```

    /tmp/ipykernel_28358/4092819108.py:7: FutureWarning: The default of observed=False is deprecated and will be changed to True in a future version of pandas. Pass observed=False to retain current behavior or observed=True to adopt the future default and silence this warning.
      mean_expr = adata.to_df()[gene].groupby(adata.obs[group]).mean()



    
![png](README_files/README_28_1.png)
    


# Saving as H5AD 

It is possible to save `AnnData` objects using the function `write_h5ad`:


```python
adata.obs.index.name = None
adata.obs["run_from_cell_id"] = adata.obs["run_from_cell_id"].fillna("NA").astype(str)

# convert all remaining object columns to str
for col in adata.obs.select_dtypes(include="object").columns:
    adata.obs[col] = adata.obs[col].fillna("NA").astype(str)

adata.write_h5ad("myH5ADfile.h5ad")

```

## Finishing Up

When you are finished, you should close the connection:


```python
conn.close()
```

# Cell metadata

Dataset-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)

`cell_count`, `collection_id`, `filetype`, `is_primary_data`, `mean_genes_per_cell`, `published_at`, `revised_at`, `schema_version`, `tombstone`, `x_normalization`, `explorer_url`, `dataset_id`, `dataset_version_id`

Sample-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)

`sample_id`, `sample_`, `age_days`, `assay`, `assay_ontology_term_id`, `development_stage`, `development_stage_ontology_term_id`, `self_reported_ethnicity`, `self_reported_ethnicity_ontology_term_id`, `experiment___`, `organism`, `organism_ontology_term_id`, `sample_placeholder`, `sex`, `sex_ontology_term_id`, `tissue`, `tissue_type`, `tissue_ontology_term_id`, `tissue_groups`, `disease`, `disease_ontology_term_id`, `is_primary_data`, `donor_id`, `is_immune`

Cell-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)

`cell_id`, `cell_type`, `cell_type_ontology_term_id`, `cell_annotation_azimuth_l2`, `cell_annotation_blueprint_singler`, `observation_joinid`, `empty_droplet`, `alive`, `scDblFinder.class`

Through harmonisation and curation we introduced custom column, not present in the original CELLxGENE metadata

* `age_days`: donors' age in days
* `cell_type_unified_ensemble`: the consensus call identity (for immune cells) using the original and three novel annotations using Seurat Azimuth and SingleR
* `cell_annotation_azimuth_l2`: Azimuth cell annotation
* `cell_annotation_blueprint_singler`: SingleR cell annotation using Blueprint reference
* `cell_annotation_blueprint_monaco`: SingleR cell annotation using Monaco reference
* `sample_heuristic`: sample subdivision for internal use
* `file_id_cellNexus_single_cell`: file subdivision for internal use
* `file_id_cellNexus_pseudobulk`: file subdivision for internal use
* `sample_id`: sample ID
* `nCount_RNA`: total number of RNA detected in a cell per sample
* `nFeature_expressed_in_sample`: total number of genes expressed in a cell per sample


# RNA abundance

The `counts` assay includes RNA abundance in the positive real scale (not transformed with non-linear functions, e.g. log sqrt). Originally CELLxGENE include a mix of scales and transformations specified in the x_normalization column.

The `cpm` assay includes counts per million.

# Other representations

The `rank` assay is the representation of each cell’s gene expression profile where genes are ranked by expression intensity.

The `pseudobulk` assay includes aggregated RNA abundance for sample and cell type combination.

The metacell (e.g `metacell_2`, `metacell_4`, etc) assays represent hierarchical partitions of cells into metacell groups.

