Metadata-Version: 2.1
Name: biotools-cli
Version: 0.1.8
Summary: Command line interface for Bioinformatics.
Home-page: https://gitee.com/siogian/biotools-cli.git
Author: Liang Xiaojian
Author-email: wakeam@outlook.com
License: UNKNOWN
Project-URL: Bug Tracker, https://gitee.com/siogian/biotools-cli/issues
Platform: UNKNOWN
Classifier: Programming Language :: Python :: 3
Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
Classifier: Operating System :: OS Independent
Requires-Python: >=3.8
Description-Content-Type: text/markdown
License-File: LICENSE

# biotools-cli

[![Build status](https://ci.appveyor.com/api/projects/status/ehobd8ptbiqjovyu?svg=true)](https://ci.appveyor.com/project/Siogian/biotools-cli)

## 介绍

一个可扩展的，为生物信息学分析提供支持的命令行工具集合（当前仅支持 uniprotkb 网络药理学蛋白质转换基因名）。

### 软件架构

软件架构说明

#### 安装教程

请确保你的计算机已经正确安装了 [python](https://www.python.org/)

```pip install biotools-cli```

安装 python-Levenshtein 可以加速查找过程（可选）

```pip install python-Levenshtein```

#### 使用说明

1. 根据你的需求下载 [uniprotkb](https://beta.uniprot.org/uniprotkb) 数据库文件，一般我们选择 Swiss-Prot 和 Human，格式请选择 xml，如果你下载的是压缩文件，请将它解压。假设最终得到的文件为 uniprot_sprot_human.xml，并把它放置在 example 目录下。
2. 从 uniprot_sprot_human.xml 中提取蛋白质名称以及对应的基因名称并保存到 tsv 格式的文本文件中。

    ```biotools uniprotkb extract .\example\uniprot_sprot_human.xml .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv```

    如果 xml 文件不变化，extract 命令则仅需要执行一次。
3. 准备蛋白质列表，protein.list，参考 .\example\protein.list
4. 查找对应的基因名称并保存结果到 .\example\gene.list

    ```biotools uniprotkb lookup .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv .\example\protein.list .\example\gene.list```

#### 参与贡献

1. Fork 本仓库
2. 新建 Feat_xxx 分支
3. 提交代码
4. 新建 Pull Request

#### 特技

1. 使用 Readme\_XXX.md 来支持不同的语言，例如 Readme\_en.md, Readme\_zh.md
2. Gitee 官方博客 [blog.gitee.com](https://blog.gitee.com)
3. 你可以 [https://gitee.com/explore](https://gitee.com/explore) 这个地址来了解 Gitee 上的优秀开源项目
4. [GVP](https://gitee.com/gvp) 全称是 Gitee 最有价值开源项目，是综合评定出的优秀开源项目
5. Gitee 官方提供的使用手册 [https://gitee.com/help](https://gitee.com/help)
6. Gitee 封面人物是一档用来展示 Gitee 会员风采的栏目 [https://gitee.com/gitee-stars/](https://gitee.com/gitee-stars/)


