README.md
setup.py
allcopol.egg-info/PKG-INFO
allcopol.egg-info/SOURCES.txt
allcopol.egg-info/dependency_links.txt
allcopol.egg-info/not-zip-safe
allcopol.egg-info/requires.txt
allcopol.egg-info/top_level.txt
bin/align_clusters.py
bin/allcopol.py
bin/create_indfile.py
bin/relabel_trees.py
phylogen/__init__.py
phylogen/optimization.py
phylogen/phylonet.py
phylogen/utils.py