Module wormutils.convert

Functions

def assign_worm_db_col_dtypes(df,
float_cols=['G', 'H', 'S', 'Cp', 'V', 'a1.a', 'a2.b', 'a3.c', 'a4.d', 'c1.e', 'c2.f', 'omega.lambda', 'z.T', 'azero', 'neutral_ion_type', 'regenerate_dissrxn', 'logK1', 'logK2', 'logK3', 'logK4', 'logK5', 'logK6', 'logK7', 'logK8', 'T1', 'T2', 'T3', 'T4', 'T5', 'T6', 'T7', 'T8'],
str_cols=['name', 'abbrv', 'state', 'formula', 'ref1', 'ref2', 'date', 'E_units', 'tag', 'dissrxn', 'formula_ox', 'formula_modded', 'formula_ox_modded', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4', 'P5', 'P6', 'P7', 'P8'],
NA_string='')

Expand source code

def assign_worm_db_col_dtypes(
        df,
        float_cols=["G", "H", "S", "Cp",
                    "V", "a1.a", "a2.b",
                    "a3.c", "a4.d", "c1.e",
                    "c2.f", "omega.lambda", "z.T",
                    "azero", "neutral_ion_type", "regenerate_dissrxn",
                    "logK1", "logK2", "logK3", "logK4",
                    "logK5", "logK6", "logK7", "logK8",
                    "T1", "T2", "T3", "T4", "T5", "T6",
                    "T7", "T8"],
        str_cols=["name", "abbrv", "state", "formula",
                  "ref1", "ref2", "date",
                  "E_units", "tag", "dissrxn", "formula_ox",
                  "formula_modded", "formula_ox_modded", 
                  "P1", "P2", "P3", "P4", "P5", "P6",
                  "P7", "P8"],
        NA_string=""):

    df = df.map(lambda x: float("NaN") if x == NA_string else x)
    
    for col in float_cols:
        if col in df.columns:
            df[col] = df[col].astype(float)
    for col in str_cols:
        if col in df.columns:
            df[col] = df[col].astype(str)
    return df