skeletonize_vol — 3D `medial` op

• Data kinds: voxel → voxel

• Call: import fullseye as fs; fs.ledger.skeletonize_vol(vol) (to call the implementation directly, import medial; medial.skeletonize_vol(vol); from the registry, ops3d.get("skeletonize_vol"))

Usage

Thin a 3-D binary voxel volume into a one-voxel-wide skeleton. A wrapper around skimage's Lee (1994) method.

> The detailed description below is the original text — the summary and the headings are translated.

method='lee' は 3D 対応の位相保存細線化。塊も含めて線状の骨格へ潰す(medial *surface* が

欲しい場合は distance_ridge を使う)。返り値は入力と同形の bool 配列。

Args:

vol: バイナリ voxel(bool / 0-1 の 3D)。

Returns:

skeleton (bool 3D): 骨格 voxel。

入力の扱い: `_as_binary_volume` が 3-D 配列を bool に正規化する(非ゼロ = 前景)。

3-D でない・空配列・float で NaN/Inf を含む場合は `ValueError`。軸順は

`(z, y, x)`、距離・太さは voxel 単位で、等方サンプリングを仮定する(異方

voxel のままだと細線化の結果が軸ごとに偏る。先に `vol_resize` で等方化する)。

挙動:

• 前景が無ければ全 False の同形配列を返す(skimage は呼ばない)。

• `skimage.morphology.skeletonize(mask, method="lee")` は遅延 import。

scikit-image が無い環境ではここで `ImportError` になる。

• Lee 法は位相を保つ(連結成分数・穴・空洞を変えない)が、太い塊は複数の枝に

潰れ、表面の凹凸に応じたヒゲ(短い枝)が出る。ヒゲは `skeleton_prune3d` で

刈る。

使いどころ: `topology_signature(端点・分岐の数)、skeleton_junctions3d` /

`skeleton_endpoints3d / skeleton_branches3d` の入力。骨格 voxel の局所

半径が要るなら `distance_ridge の edt` を骨格位置で引く。

References (sample data, literature)

• Sample-data catalog (download URLs / licences) — 2-D uses skimage.data (BSD/public domain) plus synthetic images; 3-D lists download URLs for real data sources (Stanford, PDS, …).

• Operator provenance and references — the sources of the research/methods this op family came from.

Runnable examples (verified samples that actually call this op)

• medial_topology — py -3.11 examples_3d/medial_topology.py

Ops the type connects to (they accept `voxel` as input)

voxel_to_mips · voxel_to_mesh · signed_distance_field · to_points · sobel3d · hessian3d · curvature_maps · edt_jfa

Same category (`medial`)

distance_ridge · medial_axis_points · topology_signature · medial_match · skeleton_junctions3d · skeleton_endpoints3d · skeleton_prune3d · skeleton_branches3d

*Provenance: medial.py — 3D operator registry. This per-op note is generated by tools/opdocs.py md (do not hand-edit).*

skeletonize_vol — 3D medial op