skeleton_prune3d — 3D `medial` op

• Data kinds: voxel → voxel

• Call: import fullseye as fs; fs.ledger.skeleton_prune3d(vol, length=1) (to call the implementation directly, import medial; medial.skeleton_prune3d(vol, length=1); from the registry, ops3d.get("skeleton_prune3d"))

Usage

Prune the whiskers (short branches) of a 3-D skeleton. Endpoint removal repeated length times = branches of length <= length are removed.

> The detailed description below is the original text — the summary and the headings are translated.

2D の pruning の 3D 版。孤立 voxel は端点扱いで消える。

手順: `_ensure_skeleton で bool 化(interior voxel があれば skeletonize_vol`

で細線化)し、次を `length 回繰り返す — 26 近傍次数 <= 1` の voxel(端点と

孤立点)をすべて同時に取り除く。骨格が空になるか端点が無くなれば(閉ループ

だけになれば)途中で止まる。

引数: `length は int(length)` にして負なら 0 に丸める(0 なら細線化した

骨格をそのまま返す)。1 回の反復で各枝の先端 1 voxel が消えるので、

長さ `<= length` voxel の枝(ヒゲ)は根元まで消える。

返り値: 入力と同形の bool 配列。

注意(挙動として知っておくこと):

• **長い枝も先端から `length` voxel 短くなる**(ヒゲだけを選んで消す処理では

ない)。主枝の端点位置が要るなら、刈った後の端点は元より `length` 内側に

ある。

• 2 分岐の間の短い枝は両端が分岐点(次数 >= 3)なので消えない。

• 孤立 voxel は 1 回目で消える。

• 反復のたびに次数を数え直すので、コストは `length` に比例する。

検証(`ValueError`): 3-D でない・空配列・NaN/Inf を含む入力。細線化が必要で

scikit-image が無ければ `ImportError。後段は skeleton_endpoints3d` /

`skeleton_junctions3d / skeleton_branches3d / topology_signature`。

References (sample data, literature)

• Sample-data catalog (download URLs / licences) — 2-D uses skimage.data (BSD/public domain) plus synthetic images; 3-D lists download URLs for real data sources (Stanford, PDS, …).

• Operator provenance and references — the sources of the research/methods this op family came from.

Runnable examples (verified samples that actually call this op)

• medial_topology — py -3.11 examples_3d/medial_topology.py

Ops the type connects to (they accept `voxel` as input)

voxel_to_mips · voxel_to_mesh · signed_distance_field · to_points · sobel3d · hessian3d · curvature_maps · edt_jfa

Same category (`medial`)

distance_ridge · skeletonize_vol · medial_axis_points · topology_signature · medial_match · skeleton_junctions3d · skeleton_endpoints3d · skeleton_branches3d

*Provenance: medial.py — 3D operator registry. This per-op note is generated by tools/opdocs.py md (do not hand-edit).*

skeleton_prune3d — 3D medial op